การก่อตั้งสถาปัตยกรรมแบบโกธิคยุคปลายของโบสถ์นักบุญโธมัส
ตามเอกสารประวัติศาสตร์คาดว่าโบสถ์นักบุญโธมัสถูกสร้างขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1212 ด้วยสถาปัตยกรรมยุค Romanesque ออกแบบโดยมาร์กราเฟ่ ดีตริช เพื่อเป็นอารามของคณะออกัสติเนียน ต่อมาในปี ค.ศ. 1355 จึงได้มีการบูรณะตัวโบสถ์ให้ทันสมัยขึ้นด้วยสถาปัตยกรรมกอทิก ปัจจุบันยังคงหลงเหลือรูปแบบสถาปัตยกรรมดังกล่าวในบริเวณที่เป็นหน้าต่างทางทิศเหนือของโบสถ์ และบริเวณพื้นชั้นล่างของหอคอย ในยุคศตวรรษที่ 15 อุตสาหกรรมเหมือง แร่เงิน ทางด้านใต้ของเมืองไลพ์ซิก สร้างรายได้ให้แก่ชาวเมืองอย่างมาก โบสถ์แห่งนี้จึงได้รับการบูรณะใหม่ โดยขยายขนาดให้โอ่โถงยิ่งขึ้น โถงห้องประชุมใหญ่ถูกออกแบบโดยสถาปัตยกรรมแบบโกธิคยุคปลาย ซึ่งเป็นต้นแบบของโบสถ์นักบุญโธมัสที่เห็นในปัจจุบัน โดยการบูรณะตัวโถงห้องประชุมแล้วเสร็จในปี ค.ศ. 1496 ยกเว้นส่วนหอคอยซึ่งมีความสูงถึง 68 เมตร ใช้เวลาในการสร้างยาวนาน แล้วเสร็จในปี ค.ศ. 1702 สถาปัตยกรรมของโบสถ์นักบุญโธมัส ซึ่งโครงสร้างหลักของโบสถ์นักบุญโธมัส ได้คงรูปแบบนี้ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา การตกแต่งภายในโบสถ์ ได้มีการปรับเปลี่ยนเป็นแบบ Baroque ในช่วงปี ค.ศ. 1723 – ค.ศ. 1750 ซึ่งเป็นช่วงที่โยฮันน์ เซบาสเตียน บาค ทำงานเป็นนักดนตรี และนักประพันธ์เพลงที่เมืองไลพ์ซิก และต่อมาในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 การตกแต่งภายในจึงได้ถูกปรับเปลี่ยนเป็นแบบ โกธิคยุคใหม่ ใน ตามค่านิยมในยุคนั้น และได้คงรูปแบบดังกล่าวไว้จวบจนปัจจุบัน
ในปี ค.ศ. 1539 มาร์ติน ลูเทอร์ นักการปฏิรูปศาสนาฝ่ายโปรเตสแตนต์และผู้ก่อตั้งลูเทอแรน ได้มาเทศนาที่โบสถ์แห่งนี้ ปัจจุบัน โบสถ์นักบุญโธมัสเป็นสถานนมัสการประจำสำหรับคริสเตียนนิกายลูเทอแรน มีรอบนมัสการทุกวันอาทิตย์เวลา 10:00 น. โยฮันน์ เซบาสเตียน บาค ทำงานเป็นนักดนตรี นักประพันธ์เพลง และหัวหน้าคณะนักร้องประสานเสียง ประจำโบสถ์ในเมืองไลพ์ซิก อันได้แก่ โบสถ์นักบุญโธมัส โบสถ์นักบุญนิโคลัส โบสถ์นักบุญเปาโลและโบสถ์โยฮานเนส ในช่วงระหว่างปี ค.ศ. 1723 จนกระทั่งเสียชีวิตในปี ค.ศ. 1750 เดิมสุสานของเขา ตั้งอยู่ ณ โบสถ์โยฮานเนส เนื่องจากโบสถ์ดังกล่าวถูกระเบิดเสียหายในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 จึงได้มีการย้ายสุสานของเขามายังโบสถ์นักบุญโธมัสแห่งนี้ในปี ค.ศ. 1950 จนปัจจุบัน ต่อมาในปี ค.ศ. 1908 ได้มีการสร้างอนุสวรีย์ โยฮันน์ เซบาสเตียน บาค ตั้งอยู่บริเวณทิศใต้ภายนอกของโบสถ์อีกด้วย และในปี ค.ศ. 2007 จึงได้มีการสร้างอนุสวรีย์ของเฟลิกซ์ เมลโดโซห์น ตั้งไว้ด้านทิศตะวันออกของโบสถ์แห่งนี้