คริสตจักรกลายเป็นเป้าหมายของการโจมตีจากการปฏิวัติและการก่อกบฏในประเทศ
โบสถ์บาโรคแห่งฟิลิปินส์ ประกอบด้วยโบสถ์โรมันคาทอลิก 4 แห่งที่สร้างขึ้นระหว่างศตวรรษที่ 16-18 ในช่วงที่ฟิลิปปินส์เป็นอาณานิคมของสเปน นอกจากจะแสดงถึงการเข้ามาของศาสนาคริสต์ในหมู่เกาะของฟิลิปปินส์แล้ว ยังเป็นศูนย์กลางอำนาจในการปกครองอาณานิคมของสเปนด้วย สถาปัตยกรรมที่เป็นเอกลักษณ์ของโบสถ์ไม่เพียงแค่สะท้อนให้เห็นถึงการปรับตัวของสถาปัตยกรรมแบบสเปนหรือละตินอเมริกันกับสภาพแวดล้อมในท้องถิ่นเท่านั้น แต่ยังมีการผสมผสานศิลปลวดลายของจีนอีกเข้าไปอีกด้วยเนื่องจากความมีอิทธิพลของคริสตจักรในทางการเมือง ทำให้คริสตจักรและรัฐถือเป็นหนึ่งเดียวกัน คริสตจักรจึงกลายเป็นเป้าหมายของการโจมตีจากการปฏิวัติและการก่อกบฏในประเทศ โบสถ์เหล่านี้จึงไม่ใช่มีเพียงสิ่งก่อสร้างที่ให้บริการทางศาสนาเท่านั้น แต่ยังปรากฏสิ่งก่อสร้างในลักษณะป้อมปราการอยู่ด้วย เช่น ในกรณีของโบสถ์ซานตามาเรีย ซึ่งตั้งอยู่บนเนินเขาและทำหน้าที่เป็นป้อมปราการในช่วงเวลาวิกฤต และโบสถ์ ไมอากาโอ ซึ่งทำหน้าที่ต้านทานการโจมตีเป็นครั้งคราวของชาวมุสลิมจากภาคใต้ นอกจากนี้ที่ตั้งของประเทศฟิลิปปินส์ยังตั้งอยู่บนแนวที่เรียกว่าวงแหวนแห่งไฟแปซิฟิก ซึ่งเป็นพื้นที่ที่มีแนวโน้มเกิดแผ่นดินไหวได้บ่อย ๆ การก่อสร้างจึงให้ความสำคัญกับรากฐานของโบสถ์ แม้บางแห่งจะรับความเสียหายจากแผ่นดินไหว แต่ก็ได้สร้างขึ้นมาใหม่ทดแทน โบสถ์ทั้ง 4 แห่งได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกด้านวัฒนธรรมร่วมกันเมื่องปี พ.ศ.2536
โบสถ์ซานออกัสตินในกรุงมะนิลา เป็นโบสถ์คาทอลิกแห่งแรกที่สร้างขึ้นบนเกาะลูซอนในปี ค.ศ. 1571 ทันทีที่สเปนมีชัยเหนือมะนิลา เป็นโบสถ์ในลัทธิออกัสติน ซึ่งเป็นนิกายแรกที่ประกาศพระวจนะในประเทศฟิลิปปินส์ตัวโบสถ์ในปัจจุบันถูกสร้างขึ้นมาเป็นครั้งที่ 3 ในพื้นที่เดิม โบสถ์หลังแรกสร้างจากไม้ไผ่และใบจาก เสร็จสมบูรณ์ในปี ค.ศ 1571 แต่ถูกทำลายด้วยไฟไหม้จากการรุกรานในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1574 โบสถ์หลังที่สองสร้างด้วยไม้อยู่บนพื้นที่เดิม และถูกทำลายลงในเดือนกุมภาพันธ์ ปี ค.ศ 1583 ด้วยไฟไหม้ โบสถ์หลังที่สามสร้างด้วยหิน การก่อสร้างเริ่มใน 1586 เสร็จสมบูรณ์เมื่อ 19 มกราคม ค.ศ.1607 ต่อมาโบสถ์แห่งนี้ได้กลายเป็นแม่แบบของโบสถ์ออกัสตินในประเทศฟิลิปปินส์ โบสถ์พระแม่แห่งอัสสัมชัน หรือเป็นที่รู้จักในชื่อ โบสถ์ซานตามาเรีย ในจังหวัดโลคอสซู ฟิลิปปินส์ สร้างตั้งขึ้นในปี 1765 ในที่ราบแคบ ๆ ระหว่างทะเลและเทือกเขากลางตอนของเกาะลูซอนนับว่าเป็นโบสถ์ออกัสติเนียนที่ประสบความสำเร็จมากที่สุดในฟิลิปปินส์ ทำหน้าที่เป็นฐานสำหรับคริสต์ศาสนิกชนที่อยู่ทางตอนเหนือของหมู่เกาะเป็นหนึ่งในสี่โบสถ์ยุคสเปน ที่ได้รับการขึ้นทะเบียนให้เป็นมรดกโลกในชื่อ โบสถ์บาโรคแห่งฟิลิปปินส์ เมื่อวันที่ 11 ธันวาคม ค.ศ. 1993โบสถ์ซานตามาเรีย นอกจากจะเป็นสิ่งที่ให้ระลึกถึงสี่ศตวรรษของการปกครองของสเปนในพื้นที่นี้แล้วยังสร้างด้วยสถาปัตยกรรมแบบบาโรคที่โดดเด่นตัวอาคารโบสถ์ก่ออิฐสีแดงโดดเด่น มีโครงสร้างที่ป้องกันการถล่มเนื่องจากแผ่นดินไหว ตัวโบสถ์สร้างขึ้นบนเนินเขา ซึ่งไม่เพียงแต่เป็นจุดชมวิวและเป็นป้อมปราการเท่านั้น แต่เป็นศูนย์กลางทางศาสนาในยุคแรกของการบริหารภูมิภาค โดยคริสต์ศาสนาและทหารของสเปน